แม้ว่าพระเจ้าหลุยส์จะทรงเป็นผู้เคร่งครัดทางศาสนาแต่ก็มาเกิดความขัดแย้งอย่างรุนแรงกับสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 2 ในปี ค.ศ. 1141 เรื่องตำแหน่งบาทหลวงแห่งบอร์กส์ เมื่อตำแหน่งบาทหลวงว่างลง พระเจ้าหลุยส์ก็ทรงเสนอคาร์เดิร์คองค์มนตรีคนหนึ่งของพระองค์ให้เป็นบาทหลวงคนใหม่และไม่ทรงยอมรับปีแอร์ เดอ ลา ชาร์ทร์ ผู้ซึ่งเหมาะสมกว่าและได้รับการเลือกโดยสภานักบวชแห่งบอร์กและได้รับการสถาปนาอย่างเป็นทางการจากพระสันตะปาปา พระเจ้าหลุยส์มีพระราชโองการให้ปิดประตูมหาวิหารไม่ให้บาทหลวงใหม่เข้า พระสันตะปาปาจำได้ถึงสถานะการณ์ที่คล้ายคลึงกันที่ดยุกกีโยมที่ 10 พระบิดาของอาลีเยนอร์ที่พยายามเนรเทศผู้สนับสนุนพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ปัวตูโดยตั้งคนของตนเองเป็นนักบวชแทนที่ พระสันตะปาปาจึงโทษว่าเป็นความผิดของอาลีเยนอร์ และพระเจ้าหลุยส์ยังไม่เจริญพระชันษาพอและควรจะทรงถูกสอนมารยาทบ้าง พระเจ้าหลุยส์พิโรธเป็นอันมากทรงสาบานต่อวัตถุมงคลว่าตราบใดที่ยังมีพระชนม์ชีพจะไม่ทรงอนุญาตให้ปีแอร์เข้าเมืองบอร์ก การกระทำของพระองค์ทำให้ทางสถาบันโรมันคาทอลิกออกประกาศลงโทษ (Interdict) ต่อพระเจ้าหลุยส์ ปีแอร์ เดอ ลา ชาร์ทร์ไปลี้ภัยอยู่กับทีโอโบลด์ที่ 2 เคานท์แห่งชองปาญ

พระเจ้าหลุยส์จึงทรงเข้าสงครามกับเคานท์ทีโอโบลด์และทรงอนุญาตสภากฎหมาย (seneschal) ประกาศให้การแต่งงานของราอูลที่ 1 เคานท์แห่งแวร์มองดัวกับเลโอโนราผู้เป็นหลานของทีโอโบลด์เป็นโมฆะ เพื่อให้ราอูลมาแต่งงานกับเปทรอนีย์แห่งอากีแตนพระขนิษฐาของอาลีเยนอร์ อาลีเยนอร์ทรงยุให้พระเจ้าหลุยส์สนับสนุนการเสกสมรสที่ไม่ถูกต้องตามกฎหมายของพระขนิษฐากับราอูลเคานท์แห่งแวร์มองดัว เคานท์แห่งชองปาญหยามพระพักตร์โดยไปเข้าข้างพระสันตะปาปา สงครามเริ่มขึ้นในปี ค.ศ. 1142 และสิ้นสุดในปี ค.ศ. 1144 ด้วยการยึดครองชองปาญโดยพระเจ้าหลุยส์ พระเจ้าหลุยส์ทรงโจมตีและเผาเมืองวิทรี (Vitry) ด้วยพระองค์เอง กล่าวกันว่าในการเผาเมืองประชาชนกว่าพันคนที่หนีหลบภัยเข้าไปในวัดแต่ก็ถูกเผาตาย

หลังจากการโจมตีชองปาญแล้วพระเจ้าหลุยส์ทรงรู้สึกสยดสยองต่อความรุนแรงของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น จึงทรงพยายามสร้างสันติภาพกับเคานท์ทีโอโบลด์เพื่อเป็นการแลกเปลี่ยนกับการที่เคานท์ทีโอโบลด์สนับสนุนพระองค์ในการค้านสถาบันศาสนาที่ยับยั้งการแต่งงานระหว่างราอูลเคานท์แห่งแวร์มองดัวและเปทรอนีย์แห่งอากีแตน เคานท์ทีโอโบลด์ยอมตกลงพอที่จะมีเวลาสร้างเสริมชองปาญ พอเสร็จก็กลับคำสถานะการณ์จึงเป็นไปตามเดิมเมื่อราอูลไม่ยอมทิ้งเปทรอนีย์ ซึ่งทำให้พระเจ้าหลุยส์ต้องเสด็จกลับมาโจมตีชองปาญอีกครั้งหนึ่ง

ในปี ค.ศ. 1144 พระเจ้าหลุยส์และพระราชินีอาลีเยนอร์เสด็จไปมหาวิหารแซงต์เดอนีส์ซึ่งเป็นมหาวิหารที่สร้างใหม่ ขณะที่ทรงเยี่ยมพระราชินีอาลีเยนอร์ก็พบกับเบอร์นาร์ดแห่งแคลโวซ์ จึงทรงยื่นคำร้องให้เบอร์นาร์ดแห่งแคลโวซ์ช่วยเจรจากับพระสันตะปาปาเพื่อให้ยกเลิกการบรรพาชนียกรรม (excommunication) ที่ทรงประกาศต่อราอูลและเปทรอนีย์เป็นการแลกเปลี่ยนกับการคืนชองปาญให้กับเคานท์ทีโอโบลด์และการยอมรับปีแอร์ เดอ ลา ชาร์ทร์เป็นบาทหลวงแห่งบอร์กส์ แต่กลับทรงถูกเบอร์นาร์ดดุว่าควรจะทรงสำนึกผิดในสิ่งที่เกิดขึ้นและไม่ควรทรงยุ่งเกี่ยวกับกิจการของราชอาณาจักร อาลีเยนอร์ได้ฟังก็กรรแสงและทรงแก้พระองค์ว่าที่ทรงทำเช่นนั้นก็อาจจะมาจากการที่มีพระอารมณ์ที่ไม่ค่อยปกติเพราะการที่ยังไม่มีพระโอรส พอเห็นเช่นนั้นเบอร์นาร์ดก็ใจอ่อนและถวายคำแนะนำว่าให้ทรงหาทางที่ให้ความสุขต่อพระองค์เองและเลิกยุยงให้พระเจ้าหลุยส์เป็นปฏิปักษ์ต่อสถาบันศาสนา และถ้าอาลีเยนอร์สัญญาว่าจะทำเช่นนั้นเบอร์นาร์ดก็จะสวดมนต์ให้พระเจ้าประทานพรให้อาลีเยนอร์มีพระโอรส[2]

ภายในสองสามอาทิตย์ต่อมาฝรั่งเศสก็ได้รับสันติสุข เคานท์ทีโอโบลด์ได้รับชองปาญคืน ปีแอร์ เดอ ลา ชาร์ทร์ได้เป็นบาทหลวงแห่งบอร์กส์อย่างเป็นทางการ และในปี ค.ศ. 1145 พระราชินีอาลีเยนอร์ก็ให้กำเนิดพระราชธิดา มารี แต่พระเจ้าหลุยส์ยังทรงรู้สึกว่าทรงทำผิดเมื่อสังหารผู้คนที่วิทรี จึงทรงแสดงพระประสงค์ที่จะไปแสวงบุญที่ดินแดนศักดิ์สิทธิ์เพื่อเป็นการแก้บาป พระราชประสงค์ของพระองค์ประจวบกับพระราชประสงค์ของสมเด็จพระสันตะปาปายูจีนที่ 4 ในฤดูใบไม้ร่วง ค.ศ. 1145 พระสันตะปาปายูจีนก็ขอให้พระเจ้าหลุยส์นำกองทัพครูเสดไปยังตะวันออกกลางเพื่อช่วยราชอาณาจักรแฟรงค์จากความหายนะ พระเจ้าหลุยส์ทรงประกาศพระราชประสงค์ที่จะเสด็จไปสงครามครูเสดอย่างเป็นทางการที่มหาวิหารบอร์กส์